フコイダンの原料となるモズクには、種類があります。
イトモズクとオキナワモズクは、分類学的には同じ種類のものと考えられています。
オキナワモズクは海草や藻について生育するのに対し、九州より北で生育するイトモズクはホンダワラ類の先端部について生育するという生態的特長に違いがあります。
オキナワモズクよりイシモズクや、モズクに味や食感（歯ごたえ、舌触り）のよさがあるようです。
ふつうのモズクに慣れている人には、特にイシモズクのコリコリした食感は、新鮮な驚きを感じることが多いようです。
希少価値の高いイシモズクのほうが市場価格も高い傾向にあるようです。
メカブ、昆布などにも「フコイダン」は、含まれていることがわかっていますが、コンブやメカブからフコイダンを取り出すには、アルギン酸などの不純物が混入するため、硫酸基と言う壊れやすい分子物質を維持しなければならないフコイダンを精製するのに相当な困難を伴うといえます。
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